基金の見直しとは？補助金の基金はどう変わるか

基金は先に積んで数年かけて使うお金で、残高は約16.65兆円ある

基金は、国の補助金などで公益法人や独立行政法人に前もって積み、何年かにわたる事業の財源として使うお金です。中小企業向けでは、中小企業基盤整備機構に置かれた「中小企業等事業再構築促進基金」が代表例で、事業再構築補助金や新事業進出補助金の財源になりました。

毎年度の予算で出す補助金と違い、基金は先にまとめて積み、数年かけて使います。

そのぶん、使い切れないお金が長く残りやすいと指摘されてきました。政府は2023年12月の方針で、毎年度の必要額がおおむね予測できる事業は、基金ではなく通常の予算で行うとしています。

残高は減っても大きい水準です。公益法人等の基金の残高は、2024年度末の約17.65兆円から2025年度末には約16.65兆円になりました。

各府省は2013年（平成25年）から、基金ごとの執行状況や残高、余っている資金の有無を「基金シート」で公表しています。

行政改革・効率化推進事務局「公益法人等に造成された基金の執行状況一覧表」（2025年度実績、201の基金事業）をもとに当サイトで換算。収入額などの行は省略。

基金の点検は2013年の基金シートから続き、2026年10月に閣僚会議の対象になった

基金の点検は、行政事業レビューの仕組みの中で続いてきました。行政事業レビューは、各府省が全事業をレビューシートで点検・公表し、外部の有識者が公開の場で検証する（秋のレビュー）取り組みです。

転機は2025年秋でした。

2025年11月の秋のレビューで全基金の早急な点検が必要と指摘され、同月25日には内閣官房に租税特別措置・補助金見直し担当室が置かれました。2026年は、国民からの提案募集、各府省の自己点検、基金ルールの見直しを経て、会議名に「基金」を加えた10月9日の会議につながっています。

10月9日の会議は、滞留資金の国庫返納を基金の着眼点に挙げた

10月9日の会議で、片山担当大臣は「補助金・基金の見直し」の考え方と着眼点を示しました。各府省の自己点検を反映した要求は「第一段階」にすぎず、予算編成の中で徹底して見直すとしています。

基金で問われたのは、滞留している資金です。

金利の上昇で資金を寝かせておく機会費用が増えていることを踏まえ、長く滞留する資金を防ぐ国庫返納の仕組みを整えるとしました。あわせて、国庫債務負担行為（将来の年度に支払う債務を負うことを、前もって国会の議決で認めておく仕組み。実際に支払うには、その年度の歳出予算が別に必要）への切り替えも着眼点に挙がっています。

補助対象の事業が収益を上げたときに国へ還元する仕組みや、不正・中抜きへの対処も検討課題です。

• 基金：滞留している資金を国庫に返し、国庫債務負担行為の活用に切り替えられないか
• 補助金：外部の有識者やEBPMで費用対効果を検証できるか
• 補助金：段階的に金融手法へ移る道筋など、出口戦略が明確か
• 補助金：民間が負うべきリスクまで公的支援に頼っていないか
• 補助金：目的や手段が近い事業が重なっていないか
• 関係府省で「幹事会」を置き、会計検査院や予算執行調査の指摘への対応を共有する

事業再構築基金の残高は、2025年度に約7,512億円まで減った

事業再構築基金の残高は、2025年度に約9,310.4億円から約7,512.4億円に減りました。支出は約1,442.8億円、国庫返納は約400.0億円でした（表）。

この基金は、いまは事業再構築補助金に加え、省力化投資補助事業、新事業進出促進事業、新事業進出・ものづくり商業サービス補助事業の財源になっています。

令和7年度補正予算では、この基金の執行残を使って省力化の補助金の予算措置額を抑えました。この基金と新型コロナウイルス感染症基金、国内投資促進基金からの返納金は、AI・半導体の財源に活用されました（863億円）。

令和9年度の要求では、審査の中身も変わります。

経済産業省は、申請企業の中長期の経営計画と、その計画に対する民間金融機関の姿勢を審査項目にし、支援が「融資の呼び水」となる仕組みにするとしています。あわせて事業を一本化して管理費率を下げ、申請システムに自動計算機能を付けるとしています。

行政改革・効率化推進事務局「公益法人等に造成された基金の執行状況一覧表」（2025年度実績、千円単位）をもとに当サイトで億円に換算し、式で検算。機構返納額は0。

基金から国庫への返納は、2025年度の実績で約4,042億円だった

国庫への返納は、2025年度の実績で約4,042億円でした。うち中小企業等事業再構築促進基金は400億円です。

返納は点検のたびに公表されてきました。2023年1月には令和4・5年度の予定額として2,782億円、2025年12月には令和7年度補正での3,631億円が示されています。

時点や数え方（予定額か実績か）が違うため、表の数字は足し合わせられません。

たとえば令和7年度補正の3,631億円と、令和7年度の国庫返納予定額 約4,040億円は、一部が重なっている可能性があります（推測）。

事業再構築補助金の事業者あて交付決定額は、約9,168億円だった

事業再構築基金からは、多くの事業者に交付が決まりました。当サイトが収録する gBizINFO の交付記録（2026-08-06取得）では、事業再構築補助金の事業者あての記録は38,503件で、交付決定額の合計は約9,168億円、1件の中央値は約1,865万円です（当サイトで集計）。

基金に積まれた側の記録もあります。中小企業基盤整備機構あてに「中小企業等事業再構築促進事業」として1兆1,485.3億円（証明日 2021年3月19日、発行元 中小企業庁）の記録があり、基金にお金が積まれた記録と読めます。

これらは交付決定額の記録で、実際の支払額とは限りません。基金シートの残高や支出とも定義と時点が違うため、差し引きはできません。

基金から補助を受ける会社は、収益納付と金融機関の関与に備える必要がある

基金から補助を受ける会社にとって、変化は3つあります。

1つ目は収益納付です。7月30日の基金ルールの見直しは、基金からの支援で生じた一定の利益を、基金の設置法人や国に返すことを原則にする方針を示しました。

2つ目はステージゲートで、支援案件の進み具合と成果を1〜3年ごとに評価し、次の支援を判断します。3つ目は公表の強化で、基金事業ごとに交付決定・支出・運用の状況を四半期ごとに公表する方針です。いずれも詳細は予算編成の中で具体化されます。

中小企業向けでは、事業再構築基金の事業で民間金融機関の姿勢が審査項目に入る方向です。補助金だけで計画を組むより、融資と組み合わせた計画が求められやすくなる、と読めます（推測）。

基金から出る補助金を使う会社は、取引のある金融機関に早めに事業計画を見せ、利益が出たときの返納の条件まで読んでおく必要があります。